Nachdem Rogge die Ernennung erhalten hatte, traf er in Bremen ein. Als er feststellte, dass mit den Arbeiten an der Goldenfels, die aus betrieblichen Gründen die Bezeichnung Schiff 16 erhalten hatte, noch nicht einmal begonnen worden war, begann er eine rege Tätigkeit. Besonderes Augenmerk legte der Fregattenkapitän auf die Rekrutierung seiner zukünftigen Besatzung. So schrieb er in seinen Memoiren: „Es waren besondere moralische Qualitäten des Teams erforderlich, die Fähigkeit der Menschen, möglichst lange Stress standzuhalten und Schwierigkeiten zu überwinden. Die Grenzen des Möglichen in diesem Bereich fallen mit den Grenzen des Menschlichen zusammen.“ Ausdauer, mit der Grenze jener körperlichen und emotionalen Belastungen, die Menschen über einen langen Zeitraum ertragen können.“ Schwimmen. Von den 214 vom RVM entsandten unteren Rängen lehnte Rogge nach einem persönlichen Gespräch mit jedem 104 Kandidaten ab. Auch mehrere Beamte scheiterten. Der Kapitän nutzte alle seine Verbindungen und seinen Einfluss und sorgte dafür, dass nur die Leute zum Raider ernannt wurden, die vollkommen zu ihm passten.
Nicht weniger Probleme gab es beim Wiederaufbau des Schiffes selbst sowie seiner Ausrüstung. Rogge besuchte K.-A mehrmals. Nerger – Kommandant des berühmten Hilfskreuzers "wolf" – und erhielt von ihm viele wertvolle praktische Ratschläge. Auch der Kampf mit der schwerfälligen Bürokratie nahm viel Zeit in Anspruch: Einmal musste ich mich beispielsweise direkt an den Flottenkommandanten wenden, um so etwas scheinbar Unbedeutendes wie vier Leuchtpistolen für das Boarding-Team zu besorgen.
Am 1. November wurde Rogge Kapitän zur See. Am 19. Dezember fand auf dem Kreuzer eine feierliche Prozedur zum Hissen der Schlachtflagge statt. In der deutschen Marine gab es die Tradition, dass die Kommandeure die Namen für Hilfskreuzer selbst wählten. Rogge nannte sein Schiff Atlantis.
Im Gegensatz zu den Turbinen HSK 1 und HSK 3 verfügte Atlantis über ein zweimotoriges Dieselkraftwerk, das über ein einziges Propellergetriebe betrieben wurde. Dies ermöglichte es, während einer Reise einen Motor für Reparaturen, Wartungsarbeiten und auch zum Kraftstoffsparen abzuschalten. Und obwohl alle Raider aufgrund der langen Reise und des oft langen Betriebs von Schiffsanlagen unter extremen Bedingungen mechanische Probleme hatten, hatten sie bei neu gebauten Dieselschiffen keinen großen Einfluss auf die Ergebnisse der Kampfhandlungen. „ Atlantis “ verbrauchte durchschnittlich 8–9 Tonnen Dieselkraftstoff pro Tag, was viel weniger war als die Turbinen-Pendants, ebenso wie die Zeit, die benötigt wurde, um die volle Geschwindigkeit zu erreichen.
Außerdem verfügte die Atlantis im Gegensatz zu HSK 1 und HSK 3 über vorgefertigte Deckverstärkungen während des Baus für den Einbau von Geschützen. Das Hauptkaliber des Hilfskreuzers bestand aus sechs 150-mm-SK L/45-Geschützen des Modells 1906, die aus dem Arsenal in MPL C/13-Lafetten auf dem Mittelbolzen entnommen wurden und einst von Schlachtschiffen und Schlachtkreuzern der Kaiserflotte entfernt wurden. und MPL C/16-Lafetten, hergestellt für unvollendete leichte Kreuzer des Ersten Weltkriegs. Die weit verbreitete Information von E. Groener, dass die Schiffe der „ersten Welle“ mit Geschützen der alten Schlachtschiffe „Schleswig-Holstein“ und „Schlesien“ ausgerüstet waren, ist offensichtlich unwahr, da diese Geschütze erst 1940 entfernt wurden. Es stellte sich heraus, dass die meisten Geschütze bereits abgefeuert waren, sodass die tatsächliche Reichweite 10.000 Meter nicht überschritt. Die Munitionsladung bestand aus 300 Granaten pro Geschütz (hochexplosiv mit Boden- und Kopfzünder). Insgesamt lagerten in den Kellern 1.500 150-mm-Sprenggranaten L/4,6 mit Bodenzünder und L/4,5 mit Kopfzünder. Sie hatten das gleiche Gewicht von 15,3 kg, unterschieden sich jedoch in der Sprengstoffmenge (3,058 und 3,892 kg). Darüber hinaus gab es 250 150-mm-Sprengspurgeschosse L/4,5 mit Kopfzünder und 50 150-mm-Beleuchtungsgeschosse mit einem Gewicht von 41 kg. Die vorderen vier Geschütze waren im Gegensatz zu ihren Gegenstücken unter dem Vorschiff installiert und mit Schilden bedeckt, die mit Hilfe von Gegengewichten nach oben geklappt werden konnten, wie der Deckel eines Brotkastens, aber im Großen und Ganzen war die Anordnung gleich, und die beiden hinteren Geschütze waren Wie die anderen befanden sie sich vorn und auf den hinteren Aufbauten und waren als Kran und Container mit Deckladung getarnt.
Zusätzlich zum Hauptkaliber gab es auch eine offen am Panzer montierte Laufsignalkanone, die zur Abgabe von Warnschüssen bestimmt war. Es handelte sich um eine erbeutete polnische 75-mm-Schnellfeuerkanone französischer Produktion („Schneider“ oder „Creusot“, Schussreichweite bis zu 8000 m). In der Anfangsphase der Feindseligkeiten bestand die Taktik der Hilfskreuzer darin, so nah wie möglich an das Opfer heranzukommen. Anschließend wurde die Tarnung abgelegt, ein Warnschuss aus diesem Schultergeschütz abgefeuert und der Befehl über einen Suchscheinwerfer übermittelt anzuhalten und das Radio nicht zu benutzen. Bei Nichtbeachtung des Befehls wurde mit dem Hauptkaliber geschossen. Es stellte sich schnell heraus, dass Signalgeschütze nur einen sehr geringen Nutzen hatten und Warnschüsse künftig bereits aus 150-mm-Geschützen abgefeuert wurden.
Als Kleinkaliberartillerie wurden ein doppeltes 37-mm-Halbautomatik-S/30-Flugabwehrgeschütz (im hinteren Aufbau getarnt) und vier einzelne 20-mm-S/30-Flugabwehrgeschütze (beide Typen hatten jeweils 2000 Schuss Munition) eingesetzt Lauf) eingebaut wurden.
Über die Zusammensetzung der SUAO liegen nur sehr wenige Informationen vor. Es ist bekannt, dass auf allen Kreuzern standardmäßig ein dritter Entfernungsmesser vorhanden war, der sich normalerweise auf den Aufbauten befand.
Zusätzlich zur Artillerie befanden sich an Bord vier einrohrige rotierende 533-mm-Torpedorohre, die hinter Hubschilden auf dem Oberdeck auf Brückenhöhe verborgen waren. Zum Einsatz kamen ausschließlich Dampf-Gas-Torpedos vom Typ C7a (Ladung 280 kg, Fahrmodi: 6000 m bei 44 Knoten, 8000 m bei 40 Knoten oder 14000 m bei 30 Knoten). Sie konnten mit einer Kontakt- oder Magnetsicherung ausgestattet werden, doch zu Beginn des Krieges funktionierten beide äußerst unzuverlässig. Darüber hinaus litten Torpedos zu Beginn des Krieges unter Mängeln an den Tiefenkontrollflächen. Daher blieben Torpedosalven oft erfolglos.
Wie die anderen drei Raider der ersten Welle war Atlantis für das Legen von Ankerkontaktminen vom Typ EMC ausgelegt (Gesamtgewicht 1135 kg, Ladung 250 kg), ihre Anzahl war jedoch geringer, nur 92 Stück gegenüber 200–300 bei ihren Gegenstücken.
Zur Luftaufklärung verfügte das Schiff zunächst über zwei Heinkel He-114A-2-Wasserflugzeuge. Darüber hinaus wurde einer davon im Laderaum zusammengebaut und der zweite als Ersatzteilquelle genutzt. Administrativ gehörten sie zur Staffel 5./BoFlGr.196. Andere Jäger rüsteten die erfolgreichere Arado Ar-196 aus, und Atlantis musste sich mit Heinkels begnügen, die von den Piloten aufgrund schlechter Flugeigenschaften, geringer Manövrierfähigkeit, Neigung zum Wackeln unmittelbar nach der Wasserberührung und schwacher Konstruktion nicht besonders hoch bewertet wurden . Im Januar 1941 kenterte die Heinkel bei der Landung, konnte nicht repariert werden und musste versenkt werden, doch im April lieferte der Zulieferer Alsterufer ein neues Flugzeugpaar, nun weiterentwickelte Arado Ar-196.
Die Funkausrüstung war Standard für die Kriegsmarine und wurde von Lorenz und Telefunken hergestellt. Die Bereitstellung der Kommunikation über große Entfernungen wurde nicht durch eine Erhöhung der Leistung der Sendegeräte erreicht, was unweigerlich zu komplexeren Antennen- und Speisesystemen führen würde, sondern durch die Nutzung des Kurzwellenbereichs. Somit überschritt die Leistung der darauf installierten Sender 800 W nicht. Für Angreifer war dies jedoch nicht immer von Vorteil, da sich Funker bekanntermaßen über mangelnde Stromversorgung beklagten, wenn ein Hilfesignal von einem angegriffenen Schiff gesendet werden musste.
Zur Tarnung musste der Raider einem bestimmten Schiff einer bestimmten Firma ähneln, was nicht so einfach war – Transporter, die von inländischen Werften gebaut wurden, hatten ein spezifisches „deutsches“ Aussehen. Nach dem Studium von Lloyds Nachschlagewerk wurden als Muster für die Tarnung Schiffe ausgewählt, die nicht älter als zehn Jahre waren, eine Verdrängung von 5 bis 10.000 Tonnen hatten, ein Kreuzfahrtheck hatten und zumindest ein wenig einem Raider ähnelten, insbesondere der norwegische Motor Schiffe „Knute Nelson“ und „ Tamesis “ , der sowjetische Dampfer „ KIM “, der japanische Dampfer „ Kasii Maru “, die niederländischen Dampfschiffe „ Abbekerk “, „ Tarifa “, „ Brastagi “ und „ Polyphemus “ und sogar der britische Hilfskreuzer „ Antenor ".
Um zu einem von ihnen zu werden, waren viele verschiedene Geräte an Bord. Die Silhouette wurde mit Hilfe von Holzschilden und Leinwandpaneelen verändert. Die Masten und Frachtausleger waren teleskopierbar – gehoben und gesenkt sowie in verschiedenen Positionen installiert. Der Schornstein wurde verlängert und bei Bedarf ein zweiter Schein hinzugefügt; das Bugventil konnte unter Deck eingefahren werden. Die Fächertrichter waren verschiebbar, echte wurden durch Fakes ergänzt. Es gab zwei Sätze Navigationslichter, die die Illusion einer Bewegung in die entgegengesetzte Richtung erzeugten. Um zu verhindern, dass der Raider den Eindruck erweckte, als würde er leer laufen, und dadurch unnötigen Verdacht erregte, wurde als zusätzlicher Ballast Sand in die Laderäume geschüttet. Um den Rumpf und die Aufbauten neu zu streichen, wurden weitere Farben und Malutensilien in den Laderäumen gelagert.